本次機(jī)構(gòu)改革后不再保留的環(huán)境保護(hù)部，最早可追溯到1974年國務(wù)院環(huán)境保護(hù)領(lǐng)導(dǎo)小組的成立。據(jù)環(huán)保部主管的《環(huán)境教育》雜志報(bào)道，1972年聯(lián)合國在瑞典首都斯德哥爾摩召開第一次人類環(huán)境會(huì)議。當(dāng)時(shí)，周恩來總理非常重視，派出了20 多人的代表團(tuán)。自斯德哥爾摩會(huì)議之后，1973年8月，中國召開了第一次全國環(huán)境保護(hù)會(huì)議，會(huì)議產(chǎn)生了3項(xiàng)主要成果，一是作出了環(huán)境問題“現(xiàn)在就抓，為時(shí)不晚” 的結(jié)論；二是審議通過了“全面規(guī)劃、合理布局、綜合利用、化害為利、依靠群眾、大家動(dòng)手、保護(hù)環(huán)境、造福人民” 的環(huán)境保護(hù)工作方針；三是會(huì)議審議通過了中國第一個(gè)環(huán)境保護(hù)文件《關(guān)于保護(hù)和改善環(huán)境的若干意見》。
會(huì)議之后，由當(dāng)時(shí)國家計(jì)委牽頭，經(jīng)李先念副總理和周恩來總理批準(zhǔn)，1974 年10月25日，國務(wù)院環(huán)境保護(hù)領(lǐng)導(dǎo)小組正式成立。領(lǐng)導(dǎo)小組的主要職責(zé)是負(fù)責(zé)制定環(huán)境保護(hù)的方針、政策和規(guī)定，審定全國環(huán)保規(guī)劃，組織協(xié)調(diào)和督促檢查各地區(qū)、各部門的環(huán)保工作?！董h(huán)境教育》雜志稱，小組由計(jì)劃、工業(yè)、農(nóng)業(yè)、交通、水利、衛(wèi)生等有關(guān)部委領(lǐng)導(dǎo)人組成，這也給后來環(huán)保工作與其它部門職能重疊交叉，埋下了歷史伏筆。但自此環(huán)保行政正式成立。
從1982年到1988年這6年里，環(huán)保工作長(zhǎng)期由城鄉(xiāng)建設(shè)部?jī)?nèi)設(shè)的環(huán)境保護(hù)局承擔(dān)。1982年5月，第5屆全國人大常委會(huì)第23次會(huì)議決定，將國家建委、國家城建總局、建工總局、國家測(cè)繪局、國務(wù)院環(huán)境保護(hù)領(lǐng)導(dǎo)小組辦公室合并，組建城鄉(xiāng)建設(shè)環(huán)境保護(hù)部，部?jī)?nèi)設(shè)環(huán)境保護(hù)局。1984年5月，國務(wù)院環(huán)境保護(hù)委員會(huì)成立。其任務(wù)是研究審定有關(guān)環(huán)境保護(hù)的方針、政策，提出規(guī)劃要求，領(lǐng)導(dǎo)和組織協(xié)調(diào)全國的環(huán)境保護(hù)工作。委員會(huì)主任由副總理兼任，辦事機(jī)構(gòu)設(shè)在城鄉(xiāng)建設(shè)環(huán)境保護(hù)部（由環(huán)境保護(hù)局代行）。同年12月，城鄉(xiāng)建設(shè)環(huán)境保護(hù)部環(huán)境保護(hù)局改為國家環(huán)境保護(hù)局，仍歸城鄉(xiāng)建設(shè)環(huán)境保護(hù)部領(lǐng)導(dǎo)，同時(shí)也是國務(wù)院環(huán)境保護(hù)委員會(huì)的辦事機(jī)構(gòu)，主要任務(wù)是負(fù)責(zé)全國環(huán)境保護(hù)的規(guī)劃、協(xié)調(diào)、監(jiān)督和指導(dǎo)工作。
獨(dú)立的國家環(huán)境保護(hù)局（副部級(jí)）是在1988年成立的。1988年7月，環(huán)保工作從城鄉(xiāng)建設(shè)部分離出來，成立國家環(huán)保局，并被明確為國務(wù)院綜合管理環(huán)境保護(hù)的職能部門，作為國務(wù)院直屬機(jī)構(gòu)，也是國務(wù)院環(huán)境保護(hù)委員會(huì)的辦事機(jī)構(gòu)。1998年6月，國家環(huán)境保護(hù)局升格為國家環(huán)境保護(hù)總局（正部級(jí)），是國務(wù)院主管環(huán)境保護(hù)工作的直屬機(jī)構(gòu)。撤銷國務(wù)院環(huán)境保護(hù)委員會(huì)。
2008年7月，國家環(huán)境保護(hù)總局在當(dāng)時(shí)的國務(wù)院機(jī)構(gòu)改革中，升格為環(huán)境保護(hù)部，成為國務(wù)院組成部門。據(jù)《環(huán)境教育》報(bào)道，十一屆全國政協(xié)人口資源環(huán)境委員會(huì)副主任，國家環(huán)?？偩衷本珠L(zhǎng)、黨組成員，國家核安全局原局長(zhǎng)王玉慶表示，升部后的職能調(diào)整是環(huán)保機(jī)構(gòu)改革的重點(diǎn)。比如治水問題就涉及到環(huán)保、城建、農(nóng)業(yè)等部門，升部后職能劃分將更加清晰。但也應(yīng)看到，不管職能如何劃分，不管職能范圍有多大，總會(huì)存在與其他部委有交叉的地方，需要各部門的配合。
中國工程院院士魏復(fù)盛認(rèn)為，總局升為部這個(gè)變化最重要的是，環(huán)保部擁有國務(wù)院參事議事的表決權(quán)，可以參加國家決策，這就使得中國對(duì)環(huán)境污染進(jìn)行事后追懲之外，更多了一道對(duì)環(huán)境項(xiàng)目進(jìn)行事前評(píng)估和預(yù)防的衙門。
十年后的2018年，新組建的生態(tài)環(huán)境部，將整合環(huán)保部，以及國家發(fā)改委、國土資源部、水利部、農(nóng)業(yè)部、國家海洋局、國務(wù)院南水北調(diào)工程建設(shè)委員會(huì)辦公室等部委的相關(guān)職責(zé)。環(huán)境保護(hù)部這個(gè)國務(wù)院機(jī)構(gòu)名稱，淡出歷史舞臺(tái)。